詹世勋、高永义瞭望海上，直到天亮不见援兵踪影，感到事情不妙，就同另一副将杨文启、材官沈兰等合谋反戈一击。他们带领兵丁攻入提督衙门，砍死李魁，逮捕吴胜兆、陆冏，解送苏州转押南京。吴著、戴之俊、乔世忠、王兴邦、黄国桢、孟学孝等人当场被杀，借以灭口。
消息传到南京，洪承畴同操江总督陈锦、镇守南京满兵提督巴山会商后，决定由陈锦、巴山亲自统兵前往苏州、松江。二十二日到达苏州，正值“湖祲跳梁”，陈锦、巴山判断这是吴胜兆联络的太湖义师，立即分兵先行入湖清剿[16]。接着在苏州、松江一带大肆搜捕抗清人士，稳定局势[17]。从四月下旬到五月间，清军在松江、苏州、太仓二府一州严缉党羽。陈子龙被指控为主谋，他隐姓埋名从松江逃往嘉定侯岐曾家，又转往昆山顾咸正、顾天逵父子家，终于被清军捕获。五月十三日用船押解途经娄县吕冈泾时，陈子龙借口出恭，乘看守人员不备，跳进河中淹死，清军把他的头砍下来悬挂示众[18]。夏之旭于五月二十五日自缢于文庙。接着，清政府又抓获了参与吴胜兆反清活动的吴胜秦（胜兆弟）、吴奇（胜兆族侄）、林可进（胜兆妻舅）、刘承高、左帅、黄锦标、钱彦林、顾咸正、夏完淳、钦浩、刘曙等人。顾咸正是明朝举人，曾任延安府推官，逃回故里后隐居不仕，仍不忘明室，他的儿子顾天逵是侯岐曾的女婿，侯岐曾的哥哥侯峒曾在顺治二年嘉定抗清中遇难；侯峒曾的幼子侯玄瀞又是夏完淳（其父夏允彝亦因抗清死难）的姐夫。三家患难与共，风雨同舟，经常聚会于侯玄瀞家内，“谈及时事，各蓄异谋”。顾咸正提出“海外黄斌卿是夏允彝结拜兄弟，可结连他起兵，我等作为内应”。三人即各具奏本、禀揭、条陈等文书托反清志士谢尧文交付给通海舵工孙龙送往舟山黄斌卿处。此外，托谢尧文、孙龙带通海文书的还有“结连过苏松湖泖各处豪杰、同心内应好汉”的钦浩、吴鸿等人，他们也写就各类禀帖，推荐某人可为文官，某人可任武职（谢尧文即被荐为游击）。行前，顾咸正等郑重叮嘱谢尧文道：“你须谨慎，此事关系身家性命。”[19]不料，三月十九日谢尧文身着“宽衣大袖，形迹可疑”，被清朝柘林游击陈可截获[20]，审出窝藏的通海文书。清政府即按名搜捕，除侯玄瀞逃出外，其余抗清人士都被查获，侯岐曾、顾天逵等首先被杀。清刑部题本中说：顾咸正等“率皆心臆共剖，肝胆相许。文愿设谋于帏幄，武愿勠力于疆场。虽射天之弓未张，而当车之臂已怒。无将之诛，万不能为各犯贷也”[21]。清廷下令把顾咸正、钦浩、吴鸿、夏完淳、谢尧文、汪敬、孙龙等三十四人不分首从一律处斩，妻妾子女入官为奴，财产籍没充饷。九月十九日，两案四十四人在南京遇难[22]。依据其他文献，在这次大搜捕中遇难的还有张宽、殷之辂等人不在上述数十人之内。殷之辂曾任明朝中书舍人，洪承畴审问时说：“汝是明朝都大的官，做谋反大逆的事？”殷之辂冷言反讥道：“汝是明朝都大的官，做谋反大逆的事？”洪承畴恼羞成怒，命人拖出处斩[23]。因吴胜兆一案牵连被杀的还有杨廷枢。廷枢，字维斗，吴县人，崇祯三年应天乡试解元，为人尚气节，著名于当时。清兵南下后，他避居于邓尉山中。鲁监国遥授以翰林院检讨兼兵科给事中的官衔。他不仅秘密联络抗清志士，还通过门人戴之俊直接策动吴胜兆反正。事败以后，四月二十日被清军捕获，遭到严刑拷打，“遍体受伤，十指俱损”，仍矢志不屈。清朝官员想借重他的名望，劝他剃发。他回答道：“砍头事小，剃发事大。”五月初一日被杀，时年五十三岁。这位自幼仰慕宋末文天祥为人处世的爱国志士，终于不负平生所学，为抗清复明事业慷慨捐躯。[24]