文官武将听说朝廷变更了方针,由入川改为西撤,不少人感到前途渺茫,先后脱离朝廷,寻找避难藏身之处,如吏部尚书张佐宸与少詹事汪蛟逃入大理府山中;兵部尚书孙顺、礼部尚书程源、户部侍郎万年策、大理寺少卿刘泌、左佥都御史钱邦芑等行至永平县时改名换号躲入山中。
永历君臣退至永昌时,留巩昌王白文选守玉龙关。清吴三桂、赵布泰追“至镇南州,闻伪巩昌王白文选拥贼在玉龙关,随遣前锋统领白尔赫图等进剿。白文选拔营先遁,我兵追及,贼复迎战,随击败之,获伪巩昌王金印一颗,生擒伪总兵吕三贵,并获象三只,马一百四十匹。至永平县,贼纵火烧澜沧江之铁锁桥遁去,臣等乘夜发兵渡江,克永昌府,伪永历及李定国遁去走腾越州”[51]。永历朝廷得知白文选兵败,在1659年(顺治十六年、永历十三年)闰正月十五日撤离永昌[52]。李定国命部将平阳侯靳统武领兵护驾,仓促西撤。这时又有一批官员落荒而逃,如大学士扶纲、户部尚书龚彝、礼部侍郎郑逢元、兵科给事中胡显、御史陈起相、吏部文选司主事姜之琏等。工部尚书王应龙出身陕北制弓箭匠人,张献忠建立大西政权时任工部尚书,联明抗清后在永历朝廷内任原职,这时已经年迈,行动不便,遂对他的儿子说:“我本草莽微贱,蒙恩授职,官至司空。先不能匡扶社稷,今不能患难从君,尚可配颜求活人世乎?”言毕,自缢殉国。他的儿子哭着说“父殉国难,子成父忠”,也跟着上吊自杀[53]。