文官武将听说朝廷变更了方针，由入川改为西撤，不少人感到前途渺茫，先后脱离朝廷，寻找避难藏身之处，如吏部尚书张佐宸与少詹事汪蛟逃入大理府山中；兵部尚书孙顺、礼部尚书程源、户部侍郎万年策、大理寺少卿刘泌、左佥都御史钱邦芑等行至永平县时改名换号躲入山中。
永历君臣退至永昌时，留巩昌王白文选守玉龙关。清吴三桂、赵布泰追“至镇南州，闻伪巩昌王白文选拥贼在玉龙关，随遣前锋统领白尔赫图等进剿。白文选拔营先遁，我兵追及，贼复迎战，随击败之，获伪巩昌王金印一颗，生擒伪总兵吕三贵，并获象三只，马一百四十匹。至永平县，贼纵火烧澜沧江之铁锁桥遁去，臣等乘夜发兵渡江，克永昌府，伪永历及李定国遁去走腾越州”[51]。永历朝廷得知白文选兵败，在1659年（顺治十六年、永历十三年）闰正月十五日撤离永昌[52]。李定国命部将平阳侯靳统武领兵护驾，仓促西撤。这时又有一批官员落荒而逃，如大学士扶纲、户部尚书龚彝、礼部侍郎郑逢元、兵科给事中胡显、御史陈起相、吏部文选司主事姜之琏等。工部尚书王应龙出身陕北制弓箭匠人，张献忠建立大西政权时任工部尚书，联明抗清后在永历朝廷内任原职，这时已经年迈，行动不便，遂对他的儿子说：“我本草莽微贱，蒙恩授职，官至司空。先不能匡扶社稷，今不能患难从君，尚可配颜求活人世乎？”言毕，自缢殉国。他的儿子哭着说“父殉国难，子成父忠”，也跟着上吊自杀[53]。